Avtalefysioterapeuter eller fysioterapeuter som har kommunal driftsavtale er selvstendig næringsdrivende og får sine inntekter fra et kommunalt driftstilskudd, egenbetaling fra pasientene og refusjon fra Helfo. Refusjonen fra Helfo og pasientens egenandel varierer avhengig av antall og type konsultasjoner gjennom året. Som selvstendig næringsdrivende må fysioterapeuten selv dekke utgifter til lokaler, utstyr, telefon, regnskapsføring osv.